Онцгой байдлын сургуулийн анхны суурь 1990 оны 1 дүгээр сарын 03-ны өдрийн НАХЯ-ны сайдын б/49 дүгээр тушаалаар НАХЯ-ны Цагдаагийн дээд сургуулийн бүтцэд нэг жилийн хугацаатай мэргэжлийн гал сөнөөгч бэлтгэх дамжаа байгуулагдсанаар тавигдсан.
Монгол Улсын Шадар сайд, Хууль зүй, дотоод хэргийн сайдын 2012 оны 03 дугаар сарын 05-ны өдрийн 19/А/39 дүгээр тушаалаар Онцгой байдлын сургууль байгуулагдаж, түүний бүтцэд Гамшгаас хамгаалах албаны тэнхим үүсгэн байгуулагдсанаар үйл ажиллагаа эхэлсэн. Өнгөрсөн 14 жилийн хугацаанд сургалтын чанар, хүртээмжийг сайжруулж, “Онцгой байдал-Гамшиг судлал” бакалаврын хөтөлбөрийг олон улсын магадлан итгэмжлэлд хамруулан “нөхцөлгүйгээр бүрэн” үнэлгээ авсан бөгөөд цаашид тэнхимийн үйл ажиллагааг өргөжүүлж, хүний нөөц болон сургалтын орчныг бэхжүүлэхээр ажиллаж байна.