Цэргийн зохион байгуулалтын хэлтэс нь цэргийн албаны өдөр тутмын үйл ажиллагааг удирдан зохион байгуулах, харуул хамгаалалт, сүлжээ, холбооны аюулгүй байдлыг хангах, сонсогчийн байрны үйл ажиллагаанд хяналт тавьж цэргийн мэргэжлийн нэгдсэн удирдлагаар хангах, цагийн хуваарь, өдөр тутмын үйл ажиллагаа, сахилга, дэг журам, албаны бэлэн байдлыг хангах, нэгтгэн зохион байгуулах, сургалтад хэрэглэгдэх зэвсэг, тусгай хэрэгслийн тоо чанар, аюулгүй байдалд байнгын хяналт тавьж, мэргэжлийн удирдлагаар хангах, сонсогчийн ёс суртахуун, хүмүүжлийн асуудалд хяналт тавьж, бие бүрэлдэхүүний бие бялдрын бэлтгэлжилтийн түвшинг тогтоох, шалгуур үзүүлэлтийг хангах талаар тодорхой арга хэмжээ авч, үр дүнг тооцон ажиллаж байна.
Их сургуулийн нийт бие бүрэлдэхүүнийг цэргийн дүрэм, журмыг хангуулах, удирдан зохион байгуулах чиг үүрэгтэй.
