Санхүү, төлөвлөлтийн хэлтэс нь Санхүү, ар талын газрын бүтцэд хэлтсийн дарга, төсөв хөрөнгө оруулалт хариуцсан чиглэлийн ахлах мэргэжилтэн, ахлах нягтлан бодогч, нягтлан бодогч 4, нярав 5, нийт 12 хүний орон тоотойгоор үйл ажиллагаагаа зохион байгуулан ажиллаж байна.
Чиг үүрэгт тусгагдсан ажлуудыг Монгол Улсын “Төсвийн тухай”, “Нягтлан бодох бүртгэлийн тухай”, “Шилэн дансны тухай” хууль болон эдгээр хуультай нийцүүлэн гаргасан хууль тогтоомж, бусад актыг бүрэн хэмжээгээр хэрэгжүүлэх, Их сургуулийн хөгжлийн стратеги хөтөлбөр, арга хэмжээний санхүүжилтийг бодитой тодорхойлох, төсвийг үр ашигтай удирдах, гүйцэтгэлийг хангахад дэмжлэг үзүүлэх, өмч хөрөнгийн ашиглалт, хадгалалт, хамгаалалтын байдалд бүртгэлээр хяналт тавих, Их сургуулийн санхүүгийн тайлан тэнцэл, төсвийн гүйцэтгэлийн мэдээг хуульд заасан хугацаанд гаргах, төсвийн гүйцэтгэл, зарцуулалтын ил тод, нээлттэй байдлыг хангаж ажиллах зэрэг чиг үүрэгтэйгээр ажиллаж байна.
